正好我最近在看坂本太郎所著的日本史
不算漫画、电影、小说等这种虚构文学的话
一般来说武士的战斗力要明显比忍者高
从日本战国时代开始到德川幕府后期，忍者基本的作用是打探情报和侦查，类似于我们国家的侦察兵或者是西方的斥候，而正面作战或者暗杀的次数并不多。后期地位较高的忍者基本是充当幕僚或者参谋这种角色，上战场的更是少之又少。
而武士则是经常训练战斗技巧的，其中武士也是要分层的，底层武士的战斗力或许并不高，但是越往上的话战斗力越惊人，武士的最顶级是旗本武士，这种人基本是世代侍奉于某一家大名（德川家）的，是专门用来战斗的精英中的精英，他们的俸禄非常高（通常在在一万石）---超过一万石的俸禄就可以称的上是大名了，书上讲，旗本武士原则来说是有资格参见大名的，而且要居住在江户，这种人一般都是世代和德川家关系非常亲密的家族，以战斗力强悍和纪律严明、忠心不二而闻名。
所以说忍者和武士的战斗力压根没办法比
