对于阴茎短小先要明确是否存在病理意义上的阴茎短小，如果阴茎相对较小，但是能完成正常的性生活且获得性满足，一般都不需要治疗，只有在病理状态下的阴茎短小，才需要相应的治疗，这种病理性的阴茎短小，是对于阴茎长度小于正常阴茎体长度，平均值的2.5个标准差以上称为阴茎短小。
在治疗上主要是给予针对病因的治疗，早期进行的内分泌治疗是第一选择，对于脑垂体功能异常的患儿，用人绒毛膜促性腺激素治疗，对于下丘脑功能异常的人往往用促性腺激素释放激素直接替代。对于单纯性的睾丸分泌不足的患儿直接用睾酮替代，对于内分泌治疗无效，成年后阴茎发育比较差，且影响夫妻生活时，考虑阴茎延长及加粗手术或者阴茎再造手术，但是这类手术并不是强烈推荐的。
