狄考文亲自编写课本，包括数学、物理化学以及圣经、国学、英文；狄考文的妻子则讲授历史、地理、音乐等。狄考文还根据自己学习汉语的经验编写《官话类编》，成为西方传教士进入中国学习汉语的必备教材，也为未来的齐鲁大学成为国内唯一一所主要采用汉语教学的高水平教会大学打下基础。作为中国最早的白话文教材之一，《官话类编》一直到新文化运动后才被新教材取代 。 文会馆除讲授国学和自然科学知识外，还开设心理学、逻辑学等社会学课程和音乐课程。文会馆的音乐课程由狄考文夫人邦就烈（Julia A. Brown )负责，1872 年她收集自己的讲义出版了《乐法启蒙》，是中国近代最早的音乐教材，文会馆开创了我国近代音乐教育的先河。
文会馆大学部的课程主要有两大类：圣道文学、天化格算。具体是：四书五经、策论经义、中国史记、万国通鉴、福音合参、天道溯源、省身指掌、救世之妙、是非学、心灵学、富国策、圆锥曲线、微积分、天文学、代数学、地理学、地理志、地石学、测量学、数学、化学、乐法、体操。 为了加强学校管理，文会馆制定了一系列严格的规章制度让学生遵守，像礼拜制度、斋舍制度、讲堂制度、放假制度，以及一些禁令（包括禁烟、禁鸦片、禁酒、禁谎诈等）和赏罚条款等。
同时，文会馆规定了严格的考试和升留级制度。考试分为日、季、年试。日试为口试，教习暗记分数；季考为笔试，主要考查学生对“学理”领悟情况；年考以数学、代数、五经为主，不及格罚令复学。正斋学生逐一通过六年的所有课程的考试，颁发列有所学课程的毕业文凭。
