根据“3·21”东航MU5735航空器飞行事故技术调查组主要专家、中国民用航空局航空安全办公室副主任李勇的介绍，航空事故调查是一项非常复杂的系统工程，需要从多个方面来进行分析，如飞机的试航维修、飞行运行、空中交通管制、天气环境等，各个环节各个细节都是需要工作人员花费大量的时间与精力一一查验的，需要通过慢慢的抽丝剥茧来验证设想，通常来说，国际上一起典型的运输航空事故调查，往往需要长达两年以上。 在此次“3·21”东航MU5735航空器飞行事故的调查中，面临的一大难点就是飞机是毫无征兆的突然从巡回高度下降的，空中交通管制部门完全没有收到任何机组反馈的遇险信息或者反映不正常的信息。
在调查组到达现场后，发现飞机撞击的非常猛烈，残骸非常破碎且分布广泛，不仅在短时间内很难收集到完整的残骸，而且还给后期通过残骸来取证的工作造成了很大困难，再加上现场的地理位置和自然环境比较恶劣，位于大型机械难以进去的山谷地区，以及加上雨水的浸泡，导致现场的土地非常的泥泞，工作人员几乎是走一步陷一步，对工作的开展和进度造成了一定的影响。
根据媒体的报道来看，目前搜寻工作仍在进行中，若能够收集到更多的飞机残骸的话，不仅有助于了解飞机落地时的姿态、撞击的角度等，还可能隐藏一些重要的证据，如操纵面位置、发动机功率等信息，将来可以和飞行数据记录器的数据进行比对。 总的来说，这一调查过程相对来说是比较漫长的，需要耐心等待。
