在陈明吉过世之后，明华园第二代一度面临分家危机。为将明华园团结在一起，由明华园第二代陈胜福（陈明吉三子）接掌“明华园戏剧总团”总团长职务后，便协调规划且与明华园首席编导陈胜国（四子）之命名下，在“明华园”三字之后加上“天、地、玄、黄、日、月、星、辰”为各子团团名，以兹区别，并有绣花园、胜秋团、扬明园、艺华园等四个协力团队，共计八大独立子团及四小协力团队团共十二团，散居于台湾各地。各子团由第三代经营且独立运作，只有在总团公演时才号召各子团人马配合演出。例如在与表演工作坊合作的现代舞台剧《暗恋桃花源》里演出的陈胜在原隶属于明华园日字团，便是透过陈胜福居中牵线。明华园的招牌小生孙翠凤，名义上也隶属于明华园戏剧总团。 现任团长：陈进兴
由陈明吉次子陈胜典接掌。“明华园天字戏剧团”前身是“明华园姊妹歌剧团”，创立于1983年。“明华园姊妹歌剧团”于2002年正式更名为“明华园天字戏剧团”。陈胜典不幸因车祸于2003年去世，团长由其长子（也是明华园第三代）的陈进兴担任。
天字团旗下演员还包括：陈昭香、陈昭锦、周美珍、孙诗雯、陈丽巧、张雅铃、郭佳恩、刘宇祥、洪峥御、黄兰蕙、亮菁菁等。 现任团长：陈昭婷
由明华园戏剧总团总团长陈胜福（三子）与台柱小生孙翠凤的长女陈昭婷，接掌地字团团长职务。由明华园第三代接掌的地字团致力于传统艺术－歌仔戏文化薪传，积极于全台各校园间进行教育推广及艺术文化深根的文化艺术希望工程。 现任团长：陈子豪
由创办人陈明吉六子陈胜发接掌，由三位妻子潘金莲、石锦治、简静如及其儿子陈子坚（改名陈劭弘）、陈子强、陈子豪和子豪妻洪辰雨以及女儿陈昕宇（小生）担纲主要演出，增加陈胜发与简静如所生之陈靖萍及陈子谦也加入阵容。
旗下次要演员还包括：陈冠圻、李紫菱（陈子坚之妻）、谢明惠、苏可民、黄庆琳等. 现任团长：陈子阳
由创办人陈明吉四子陈胜国接掌。“明华园黄字戏剧团”创立于1998年，由陈胜国担任编导，其长子陈子阳担任团长。
黄字团旗下演员还包括：陈子麒、翁妙嬅、董如玲、陈昭薇、马丽卿、卢雪华、李丽君、陈贵珠、陈孝驹、赖贵珠等。 现任团长：陈胜在
由创办人陈明吉五子陈胜在接掌。有“台湾第一丑角”之称的陈胜在，跨刀参演表演工作坊的现代舞台剧《暗恋桃花源》极受好评，其妻子郑雅升也在旗下担纲演出。 现任团长：郭煌荣
由陈明吉长子郭海南（十二岁时被陈明吉收养）接掌。“明华园月字戏剧团”前身是“新明华园”，后改为“明华园月字戏剧团”，现由郭海南儿子郭煌荣担任团长。
月字团旗下演员还包括：张原豪、郭秀云、郭育汝、郭盈桦、郭梅君、苏敏玲、郭奚金凤、郭纹妃、郭家呈。 现任团长：陈子权
由陈明吉七子陈胜顺接掌，其妻张秋兰也在旗下担纲演出，现由陈胜顺儿子陈子权担任团长。旗下又有“胜秋戏剧团”。
星字团旗下演员还包括：许凤华、颜雅妮、谢乔伦、童淑宜、陈奕诚、陈子权等。 现任团长：王文江
由陈明吉女儿陈春凤接掌。旗下演员有：敏妃、文柱领导（当家小老板）、信忠、阿伟、阿绢。
